La misión de la Fundación Nueva Cultura del Agua es recoger, integrar, generar y transmitir conocimiento y valores humanos para promover la adopción de la Nueva Cultura del Agua, entendida ésta como un cambio de paradigma hacia la sostenibilidad ambiental, económica, social y cultural, orientado a una consideración ecosistémica y patrimonial del agua. Esto se realizará mediante la participación activa en la sociedad y el impulso en los ámbitos de decisión de alternativas coherentes con la Nueva Cultura del Agua.

En el desarrollo de su misión la Fundación aplica el principio de subsidiariedad, es decir, acomete y prioriza la realización de proyectos que únicamente puedan ser realizados por ella teniendo en cuenta su naturaleza.

Los valores que intentamos transmitir hacia la sociedad civil y sus instituciones son: rigor, independencia, transparencia, integridad, responsabilidad, espíritu crítico, transdisciplinariedad, equidad con las generaciones presentes y futuras, emotividad frente a los valores intangibles que suscita el agua.

En cuanto a los valores que caracterizan las relaciones de la Fundación con sus miembros, en particular empleados y socios fundadores y amigos: interdisciplinariedad, pluralidad y capacidad de crítica interna.

Todos estos valores se consideran importantes tanto por los miembros de la Fundación como por las personas entrevistadas externas a la Fundación, en tanto que son comportamientos observados por estas personas en relación con la FNCA y que son especialmente apreciados.