La FNCA tiene una amplia experiencia en los proyectos de investigación nacionales e internacionales sobre los temas del agua. Estos proyectos se han concentrado en los temas como cambio climático, la escasez de agua, huella hídrica, la gestión participativa en los temas hídricos, la ecología fluvial, la implementación de la DMA, los servicios urbanos de agua, la valoración ambiental de los ecosistemas acuáticos y las evaluaciones socioeconómicas de las opciones hídricas. Las líneas de investigación incluyen una amplia gama de las cuestiones de agua caracterizadas por la necesidad de aplicar un enfoque integrado y transdisciplinar para abordar estas cuestiones.

El equipo de investigación interdisciplinar de la FNCA permite la aplicación de perspectivas holísticas, incorporando expertos en agua de las ciencias biofísicas, ciencias sociales e ingeniería. Los miembros del equipo de investigación de la FNCA tienen su origen en universidades, centros de investigación y órganos de agua públicos, ONGs y empresas consultoras. Algunos de los principales resultados de la investigación se pueden consultar en las Publicaciones