La misión de la Fundación Nueva Cultura del Agua es recoger, integrar, generar y transmitir conocimiento y valores humanos para promover la adopción de la Nueva Cultura del Agua, entendida ésta como un cambio de paradigma hacia la sostenibilidad ambiental, económica, social y cultural, orientado a una consideración ecosistémica y patrimonial del agua. Esto se realizará mediante la participación activa en la sociedad y el impulso en los ámbitos de decisión de alternativas coherentes con la Nueva Cultura del Agua.

Los valores que intentamos transmitir hacia la sociedad civil y sus instituciones son: rigor, independencia, transparencia, integridad, responsabilidad, espíritu crítico, transdisciplinariedad, equidad con las generaciones presentes y futuras, emotividad frente a los valores intangibles que suscita el agua.

En cuanto a los valores que caracterizan las relaciones de la Fundación con sus miembros, en particular empleados y socios fundadores y amigos: interdisciplinariedad, pluralidad y capacidad de crítica interna.

Todos estos valores se consideran importantes tanto por los miembros de la Fundación como por las personas entrevistadas externas a la Fundación, en tanto que son comportamientos observados por estas personas en relación con la FNCA y que son especialmente apreciados.